Rok szkolny 1999/2000 rozpoczął się od wielu zmian. Uczniów serdecznie przywitała nowa pani dyrektor mgr Elżbieta Czaja. Do grona pedagogicznego dołączyli nowi nauczyciele: mgr Joanna Napierała /j. polski/, mgr Mariola Sulkowska/j. angielski/, mgr Joanna Pozłótka /matematyka/, mgr Krzysztof Sulkowski /wychowanie fizyczne/. Nową księgową została p. mgr Marzena Wardacka.

Również organizacyjnie był to rok inny niż poprzednie: w szkole nie było klasy VII. W związku z reformą systemu oświaty wygaszano ośmioklasowe szkoły podstawowe i przechodzono stopniowo do szkoły sześcioklasowej.

W szkole zorganizowano sklepik szkolny, w którym można było kupić drożdżówki, zeszyty, bloki, długopisy i inne przybory niezbędne uczniom. Samorząd Uczniowski rozpoczął pracę ze szkolnym radiowęzłem: muzyką umilał czas przerwy.  W świetlicy  w czasie przerwy wydawano ciepłą herbatę do śniadania. W holu pojawił się aparat telefoniczny „na kartę”, z którego mogli korzystać uczniowie. 18 września szkoła włączyła się do ogólnoświatowej akcji „Sprzątanie świata”. Projekt od początku jego trwania prowadzi mgr Ewa Rajewska. We wcześniejszych latach uczniowie pod opieką p. Ewy brali udział w Dniu Ziemi – sprzątając i upiększając otoczenie szkoły. Od roku 1997 p. mgr Ewa Rajewska prowadzi program  „Obserwator Wybrzeża”, jego celem jest wieloletnia obserwacja  stanu przyrodniczego i ocena zanieczyszczenia wybrzeża. W marcu uczniowie pierwszy raz wzięli udział w międzynarodowym konkursie matematycznym „Kangur”.

13 maja 2000 roku, w pierwszą rocznicę otrzymania sztandaru i z okazji Święta Szkoły zorganizowano pierwszy Festyn Szkolny dla wszystkich rodzin z Pogórza i Suchego Dworu. Festyn na stałe wszedł do kalendarza imprez szkolnych w Pogórzu.

Ważnym czasem było również zakończenie roku szkolnego: pożegnano ostatnią klasę VIII i klasę VI. Ze szkołą pożegnały się również nauczycielki p. mgr Wiesława Łagodzka  i p. mgr Joanna Pozłótka.

W czasie wakacji przeprowadzono remont podłóg na korytarzach – położono kolorowe wykładziny.

Od nowego roku szkolnego 2000/2001 szkoła była już sześcioklasowa.

Pojawili się nowi nauczyciele: p. mgr Marzenna Dettlaff / nauczanie zintegrowane/, mgr Urszula Kozielska /nauczanie zintegrowane/, mgr Emilia Kula /świetlica/, mgr Beata Wierzbicka /matematyka/, p. Róża Kruszyńska /biblioteka/.